Пошаговая инструкция в статье на эту тему здесь

На мой взгляд оптимальный вариант - это MQOL5, встроенный язык программирования терминала Метатрейдер 5. По сути является аналогом самого распространенного языка программирования C++. Если Вы как-то были связаны с программированием, то процесс освоения не займет много времени. Самое важное, что в данном языке реализован объектно-ориентированный подход, что позволяет реализовывать проекты любой сложности. Как пример, операционная система Windows, написана на C++. Однако, если Вы никогда с программированием связаны не были, есть смысл начать с конструктора типа Тслаб, где для программирования используется графический редактор. Но надо понимать, что это полумера. По мере развития Ваших запросов все равно необходимо будет переходить на программирование с использованием языка. Когда Вы будете выбирать между C# и MQL5, советую сразу смотреть в сторону MQL5.

Да, через терминал Метатрейдер можно торговать на рынках Московской биржи. На настоящий момент доступны срочный рынок ФОРТС, фондовый рынок ММВБ и валютный рынок СЭЛТ. Торговля опционами и облигациями пока недоступна. Для каждого рынка потребуется отдельный счет и терминал.

От брокера к брокеру по разному. Но совершенно точно не дороже терминала QUIK. Порядок цен около 300-х рублей в месяц.

Опять же у каждого брокера процедура своя. Если у Вас есть открытый брокерский счет, подаете заявку на подключение через личный кабинет. Вам на e-mail приходят логин и пароль. Далее, скачиваете с сайта брокера дистрибутив программы и устанавливаете его на компьютер. Подключаетесь к брокеру через полученные логин и пароль. Далее меняете пароль на свой собственный. Ну и все, готово.
Если у Вас был установлен QUIK, то он продолжает работать как обычно. То есть действующих терминалов получится два.
Как правило, логин и пароль брокер высылает Вам на следующий день, после оформления заявки.
У каждого брокера на сайте есть подробная инструкция о подключении.

Наиболее популярный терминал для подключения к Московской бирже - это QUIK. Так сложилось исторически. Когда Вы открываете счет этот терминал предлагают практически автоматом.
Однако, если Вы всерьез задумались об автоматизации своей торговли, лучшим решением будет Метатрейдер 5.
Преимущества следующие:

• Встроенный язык для программирования торговых роботов высокого уровня - MQL5
• Огромная библиотека готовых решений по роботам и индикаторам
• Огромный форум по написанию программ
• Возможность тестировать написанных роботов в режиме "Тестер"
• Терминал однозначно быстрее, что позволяет использовать его для HFT-роботов
• Терминал надежнее в плане работы, есть встроенные коды ошибок

Количество терминалов одновременно работающих на одном компьютере ограниченно только производительностью его процессора. Например, для iCore 7 - 15 терминалов работают стабильно, без подвисаний. Как запускать на одном компьютере несколько терминалов подробно описано в статье: Установка второго и далее терминалов Метатрейдер на Ваш компьютер

А вообще надо пробовать. Наибольшая нагрузка наблюдается на открытии рынка. Открываете диспетчер задач и смотрите загрузку процессора. Если в спокойное время он не загружен более чем на 70%, значит можно еще добавлять терминалы на компьютер.